10X 空间转录组学

空转Spatial Transcriptomics：将基因表达与组织切片的免疫组化图片结合，将组织内不同细胞的基因表达信息定位到组织空间，直观地检测组织不同部位基因表达的差异

一、基本流程及原理

1、基本原理：基因表达芯片上有4个捕获区域，每个捕获区域约有5000个spot，每个spot直径55µm，两个spot中心点间距100µm，一个spot上有数百万条oligo且Spatial Barcode相同，不同spot间Spatial Barcode不同，通过Spatial Barcode就能知道mRNA的空间位置信息。UMI用于基因表达定量，知道每个spot上有哪些基因表达及其表达量。

基本流程 ：将冰冻切片放在芯片捕获区域内，经HE染色、成像后，对组织进行透化、释放胞内mRNA，被芯片上oligo-dT探针捕获，每个探针都带有特异的地址序列，再以mRNA为模版进行cDNA合成、构建文库，测序获得基因表达及位置。

 2、芯片及探针结构

3、样本准备★★

    a、需要术后新鲜组织样本，石蜡包埋、液氮冷冻、-80℃冻存标本不可用

    b、冷冻：异戊烷液氮冷冻

    c、OCT包埋：注意标明组织及包埋盒方向 

    d、切片及质控

     e、透化优化

     f、正式实验

2、初步统计及质控

二、空转分析

1、降维聚类：PCA，t-SNE，UMAP，基因表达及mRNA表达分布图

2、差异表达分析：相关性热图，PCA图，表达差异热图、气泡图、t-SNE、小提琴图、空转验证

3、数据库分析：GO，KEGG，DisGeNET，PPI

4、结合10X 单细胞：将10X 单细胞判断出的细胞种类、表达值与空转spot中表达值比较，判断spot中主要细胞是什么

三、运用例：空间转录组应用领域与研究思路 - 简书 (jianshu.com)

1、 

资料来源：

1、【单细胞测序6】空间转录组学介绍-欧易生物_哔哩哔哩_bilibili

2、10x Visium空间转录组分析思路_哔哩哔哩_bilibili