1-1 GWAS（全基因组关联分析基本概念和材料选择）
发布时间：2024-11-16 10:01
先把GWAS系列课程看一遍，后面再把不懂的东西再补充上来
一、概念和理论基础
全基因组关联分析定义
是对多个个体在全基因组范围的遗传变异（标记）多态性进行检测，获得基因型，进而将基因型与可观测的性状，即表型，进行群体水平的统计学分析，根据统计量或显著性 P 值筛选出最有可能影响该性状的遗传变异（标记），挖掘与性状变异相关的基因。
分为两类：
- 全基因组水平的关联分析
- 已知候选基因的关联分析（用的是候选基因的标记和背景基因的标记）
主要步骤就三步：
- 标记开发
- 表型考察
- 统计分析
关联分析与连锁分析
连锁不平衡
r^2 和 D'
LD 衰减分析
衰减图
LD block
LD 与 GWAS
二、材料的选择
材料选择
样本量
群体类型
种质资源材料
人工群体
F2群体
人工群体优缺点
动物关联分析材料
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