全基因组关联分析（GWAS）软件：Tassel5

Tassel 是比较经典的关联分析软件，但是因为运行速度没有优势，所以在重测序等数据量比较大的研究中不太常用。这是记录一下Tassel5 命令行进行关联分析的过程。
参考：
Tassel5：https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/Home
MLM：https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/UserManual/MLM/MLM

1. 计算kinship

run_pipeline.pl -plink -ped snp.ped -map snp.map -KinshipPlugin -method Centered_IBS -endPlugin -export kinship.txt -exportType SqrMatrix

2. MLM 模型关联分析

tassel.sh

# 表型文件
P=all_pheno.txt
# 群体结构矩阵
Q=Q3.txt
# kinship 矩阵
K=kinship.txt

run_pipeline.pl \
-Xms1g -Xmx10g\
-fork1 -plink -ped snp.ped -map snp.map -FilterSiteBuilderPlugin -siteMinAlleleFreq 0.05 -endPlugin \
-fork2 -importGuess $P \
-fork3 -importGuess $Q -excludeLastTrait \
-fork4 -importGuess $K \
-combine5 -input1 -input2 -input3 -intersect \
-combine6 -input5 -input4 -mlm -mlmVarCompEst P3D -mlmCompressionLevel Optimum \
-export result

• 基因型文件格式：tassel可接受多种基因型文件格式，如plink，vcf，hapmap等
• 表型文件和群体结构矩阵的格式可以参照示例文件；群体结构可用 Admixture、fastStructure等软件计算