adata.concatenate对空间转录组的拼接

发布时间:2023-10-23 13:30

import scanpy as sc 
adata1 = sc.read_visium("/Volumes/MACPAN/空间转录组数据集/10X_spatial_data/data/V1_Mouse_Brain_Sagittal_Posterior/")
adata2 = sc.read_visium("/Volumes/MACPAN/空间转录组数据集/10X_spatial_data/data/V1_Mouse_Brain_Sagittal_Posterior_Section_2/")
adata1.var_names_make_unique()
adata2.var_names_make_unique()
#print(adata1)
#print(adata2)

aa= adata1.concatenate(adata2)
print(aa)
print("==================")
bb= adata1.concatenate(
    adata2,
    uns_merge="unique"
)
print(bb)
# batch_categories=library_names

结果如下:
adata.concatenate对空间转录组的拼接_第1张图片
注意一定要设置uns_merge,因为这里是空间转录组信息的合并,如果不合并的话,对于接下来的画图就出现了问题

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